上場株式等の取得価額が不明の場合は、取得価額の確認方法がありますので、まず、それで確認してください。
それでも、譲渡した株式等が相続したものであるとか、購入した時期が古いなどのため取得費が分からない場合には、同一銘柄の株式等ごとに、取得費の額を売却代金の5％相当額とすることが認められています。
また、実際の取得費が売却代金の5％相当額を下回る場合にも、同様に認められます。
同一銘柄の株式で不明なものと明らかなものがある場合には、部分的に概算取得費（5％）を適用することはできないため、全部について5％とするか、取得価額を合理的に算出し総平均法に準ずる方法により取得費の計算を行うことになります。
概算取得費による更正の請求
更正の請求の理由については、「課税標準等若しくは税額等の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかったこと又は当該計算に誤りがあったこと」（通法23①）と規定されており、税法の適用において選択を誤ったことはその理由に当たらないものと解されています。
なお、当初申告では概算取得費により計算したが、実額取得費の方が高いことが証明された場合には、選択の誤りではなく、取得費の計算の誤りということとなりますので、実額取得費による更正の請求は可能であると考えられています。
ただし、当初申告では実額取得費により計算したが、その後、概算取得費より実額取得費の方が低いことが判明した場合には、概算取得費による更正の請求はできないと考えられています。
株式の譲渡所得の計算上、同一銘柄で、取得価額が不明のものと明らかなものがある場合の概算取得費（５％）の適用の可否（所事例７４０１ 税相版 誤りやすい事例集）
同一銘柄で部分的に概算取得費（５％）を適用することはできないため、全部について５％とするか、取得価額を合理的に算出し、総平均法に準ずる方法によります。不明なものは５％、明らかなものは実際の取得価額をもとに総平均法に準ずる方法で取得費の計算をおこなうことはできません。
国税庁課税部資産課税課情報「株式譲渡益課税のあらましＱ＆Ａ」（平成31年1月）問22「株式等の取得費と概算取得費（5％）との関係」より
実際の取得価額を基に計算した株式等の取得費の金額（同一銘柄の株式等を2回以上にわたって取得している場合には、総平均法に準ずる方法により計算した金額）と概算取得費（譲渡価額の5％相当額）により計算した金額とを比較して、いずれか高い方をその株式等の取得費とすることができる（措通37の10・37の11共-13）。
なお、概算取得費を選択した場合であっても、その個々の株式等の実際の取得価額を譲渡価額の5％相当額に置き換えるものではないことに留意する。
（設例）
【取得】 取得時期 株数（株） 単位（円） 取得価額
Ｓ47・10 10,000 50 500,000
Ｈ12・10 1,000 600 600,000
（計） 11,000 1,100,000
【譲渡】 譲渡時期 株数（株） 単位（円） 譲渡価額
Ｈ30・1 11,000 3,000 33,000,000
（実際の取得価額を基に計算した取得費）
1,100,000円（取得価額の合計額）÷11,000株（取得株数の合計）＝100円（単価）
＠100円（単価）×11,000株（譲渡株数）＝1,100,000円
（概算取得費）
33,000,000（譲渡価額）×5％＝1,650,000円（＠150円）
（説明）
株式等に係る譲渡所得等の金額の計算上、総平均法に準じて計算した金額（＠100円）と譲渡価額の5％（＠150円）とを比較していずれか高い方（＠150円）を取得費とすることができる。
株式等の譲渡に係る取得費（実額）を収入金額の5％とすることを求める更正の請求の可否－大阪国税局 資産課税課「資産税関係質疑応答事例集」（平成23年6月24日）
（質疑事項）
甲は、株式等の譲渡所得の金額の計算上、収入金額の5％に相当する金額に満たない金額（実額）を取得費として申告していた。
この場合、甲は収入金額の5％に相当する金額を取得費として更正の請求をすることができるか。
（回答）
取得費を収入金額の5％に相当する金額とする更正の請求は認められない。
（理由）
1 租税特別措置法通達37の10-14（現行通達は「37の10・37の11共-13」）では、「・・・譲渡をした同一銘柄の株式等について、当該株式等の譲渡による収入金額の100分の5に相当する金額を当該株式等の取得価額として事業所得の金額若しくは雑所得の金額を計算しているとき又は当該金額を譲渡所得の金額の計算上収入金額から控除する取得費として計算しているときは、これを認めて差し支えないものとする。」と定めている。
この取扱いは、譲渡収入金額の5％相当額を取得価額として申告することとしてもこれを認めることを明らかにしたものであり、取得価額が明らかでないような場合に、課税当局において譲渡収入金額の5％相当額を取得費として認定するというものではない。
2 また、本件においては、株式等の譲渡所得の計算上収入金額から控除する取得費を実際の取得価額で計算していることから、国税通則法23条1項1号に規定する課税標準等若しくは税額等の誤りがあった場合に該当しない。
3 以上のことから、更正の請求において、株式等の譲渡所得の計算上控除する取得費を収入金額の5％に相当する金額とすることは認められない。
