従業員持株会において取得した株式の取得価額は、持株会から交付される「投資等報告書」や「退会(引出)精算書」などの記載から把握します。持株会から交付された資料では取得価額がわからない場合には、持株会から引き出したときの名義書換日の終値を取得価額とすることができます。

国税庁課税部資産課税課情報「株式譲渡益課税のあらましQ&A」(平成31年1月)問19「従業員持株会を通じて取得した株式の取得費等」より

1 従業員持株会(以下「持株会」という。)を通じて取得した株式は、手元にある「投資等報告書」(注1)や「退会(引出)精算書」(注2)などに記載されている「簿価単価」(注3)を基に取得費を計算して差し支えない。
(注1) 「投資等報告書」(名称は持株会によって異なる。)は、半年に1回、持株会から各会員に通知され、拠出金額、取得株式数、簿価単価(1株あたりの取得単価)などが記載されている。ただし、その記載内容は持株会によって異なり、簿価単価が記載されていない場合もある。
(注2) 「退会(引出)精算書」(名称は持株会によって異なる。)は、退会時又は一部引出し時に持株会から各会員に交付され、退会時点又は一部引出し時点での拠出金額、取得株式数、簿価単価(1株あたりの取得単価)などが記載されている。ただし、その記載内容は持株会によって異なり、簿価単価が記載されていない場合もある。
(注3) 「簿価単価」の記載がない場合には、「拠出金額」を「取得株式数」で除した金額とする。

2 投資等報告書等がない場合や投資等報告書等では上記1の方法による取得費の計算ができない場合には、(持株会から引き出したときの)名義書換日の相場(金融商品取引業者のデータベースや当時の新聞記事等による終値)を基に取得費を計算して差し支えない。

※ 持株会を通じて取得した株式のほかに、同一銘柄株式を購入等している場合には、持株会を通じて取得した株式の取得価額と持株会以外で購入等した株式の取得価額とを基に、総平均法に準ずる方法により計算した1株当たりの取得費に売却株数を乗じて計算した金額が株式の収入金額から控除される取得費となる。