概要
株式会社と違い、合同会社では社員の死亡によって当然に社員の地位が相続人に引き継がれるものではありません（会社法607①三）。
合同会社の場合は、死亡または合併による消滅は社員の法定退社の事由となります。そして、相続人その他の一般承継人は持分の払い戻しを受けます。
なお、社員１名の合同会社の場合、社員が亡くなると法定解散事由となってしまいます。
ただし、社員が死亡した場合または合併により消滅した場合における当該社員の相続人その他の一般承継人が当該社員の持分を承継する旨を定款で定めることができます（会社法608①）。定款に記載する場合は、「社員及び出資」の章の中に記載するとよいでしょう。
社員１名の合同会社の場合は、必ず、定款で定めておいてください。また、合同会社の社員である経営者が亡くなったときでもスムーズに後継者に事業承継をしたいと思うなら、定款で定めることが必要です。
なお、「承継する旨」の定款の定めがある場合には、相続人その他の一般承継人（社員以外の者）は持分を承継したときに、その持分を有する社員となります（会社法608②）。そして、その一般承継人にかかわる定款の変更がされたものとみなされます（会社法608③）。
また、相続による一般承継人が２人以上ある場合には、各一般承継人は、承継した持分についての権利を行使する者１人を定めなければ、その持分についての権利を行使することができません。ただし、合同会社が各一般承継人が権利を行使することに同意したならば、かまいません（会社法608⑤）。
定款の定め方
定款の定め方は、いろいろなパターンが考えられます。
「例えば、社員の死亡時に特定の相続人が持分を承継するという定めも可能である（省略）。また、①相続人が希望する場合に持分を承継する、②他の社員が同意をした場合に相続人が持分を承継する、③相続人は（他の社員の同意や相続人の意思表示などがなくとも）当然に持分を承継する、といった定めもいずれも可能である（省略）。合併の場合も、同様に他の社員の同意を条件としたりするなどの定め方が可能となろう」（神田秀樹（編）会社法コンメンタール第14巻239ページより引用）
なお、特定の相続人に持分を承継させる場合には、その旨についての定款の記載だけでなく遺言書の作成も必要になります。
定款例
（社員の相続）
第○条 社員山田太郎が死亡した場合には、当該社員の相続人山田花子は、社員山田太郎の持分を承継して社員となる。
（社員の相続）
第○条 社員が死亡した場合には、当該社員の相続人は、当該社員の持分を承継して社員となることができる。
（社員の相続）
第○条 社員が死亡した場合には、当該社員の相続人は、他の社員全員の承諾を得て、当該社員の持分を承継して社員となる。
（社員の相続）
第○条 社員が死亡した場合には、当該社員の相続人は、当該社員の持分を承継して社員となる。
（社員の相続及び合併）
第○条 社員が死亡した場合又は合併により消滅した場合においては当該社員の相続人その他の一般承継人が当該社員の持分を承継することとする。
社員の相続と相続税
（1）持分の払戻しを受ける場合（「承継する旨」の定款の定めがない場合）
持分の払戻しについては、「退社した社員と持分会社との間の計算は、退社の時における持分会社の財産の状況に従ってしなければならない。」（会社法611②）とされていることから、持分の払戻請求権として評価します。
そして、その価額は、評価すべき持分会社の課税時期における各資産を財産評価基本通達の定めにより評価した価額の合計額から課税時期における各負債の合計額を控除した金額（法人税等相当額の控除はありません）に、持分を乗じて計算した金額となります。
払戻請求権＝（各資産の相続税評価額の合計額－各負債の合計額）×持分割合
なお、払戻請求額が出資金額を超える場合には、死亡した社員に対する「みなし配当課税」が生じます（源泉所得税等がある場合は、払戻請求権は源泉所得税等控除後）。つまり、相続税の問題だけでなく、所得税の問題も生じます。
社員複数で合同会社を運営している場合、社員1名が亡くなっても存続は可能です。ただし、持分相当の払い戻しを遺族にすることになるので、会社の存続が厳しくなる可能性があります。
例えば、持分割合が50％づつの社員2名が合同会社を運営していて、社員1名が亡くなった場合、ごそっと会社の半分の財産がなくなる感じです。また、資本金の額の減少にもなるでしょう。
なお、払戻を受ける遺族の方も大変です。亡くなった人の確定申告の場合、準確定申告となり、通常の確定申告と違い、申告期限は亡くなった日（相続の開始があったことを知った日）の翌日から4ヶ月以内です。
例えば7月1日に亡くなった場合は、11月1日までに準確定申告をする必要があります。納税の期限も申告期限と同じです。
持分払戻請求権の額を評価するのも通常簡単ではないため、4ヶ月以内に申告するのは容易ではありません。また、会社側の協力なしでは払戻請求権の額を評価することができませんが、積極的に協力してくれるとも限りません。
申告期限内に申告することができなければ期限後申告となり、本税の他に、通常、無申告加算税もかかってしまいます（通則法66）。
期限後申告となったことに「正当な理由がある場合」は無申告加算税はかかりませんが、「持分払戻請求権の額を評価するには４か月で額を確定できるほど容易なものではない」というぐらいでは、認められるのは難しいでしょう。
合同会社ではないですが、医療法人に対する出資持分の払戻請求権の金額が法定申告期限までに確定しなかったこと等が原因である旨の納税者の主張が認められなかった令和2年9月4日裁決（熊裁（所）令2第1号）があります。
また、払戻請求権の額を評価でき4ヶ月以内に申告ができたとしても、納税の期限も申告期限と同じです。
会社側も遺族に対してお金をすぐに用意できるとは限りません。会社の資産が現金預金しかないというのは、ほとんどないからです。
会社側からの配当の支払を受けないまま納税期限を迎えてしまった場合でも、遺族はみなし配当に対する所得税を負担することとなり、個人で負担することは不可能な場合もあるでしょう。
（2）持分を承継する場合（「承継する旨」の定款の定めがある場合）
出資持分を承継する場合には、取引相場のない株式の評価方法に準じて出資の価額を評価します（評基通194）。よって、出資一口当りの評価額を算出し、相続する口数を掛けて評価額を計算します。
ただし、合同会社の場合、通常、定款には出資口数の定めの記載がないことが多いので、その場合、実務上では1口50円、1口500円等の仮の口数でいくつか計算してみて、端数処理で影響の出ない口数によって評価をします。
例えば、500万円の資本金の場合、500万円を1口1円として500万口という形で評価をし、仮に1口の価格が0.9円という評価額になると端数切捨てで0円評価になってしまうことになります（評価明細書第５表の⑪欄は表示単位が円であり、円未満を切り捨てて記載することとされています）。
このような場合だと1口1円ではなく1口50円、または1口500円として計算することが望ましいということになります（もちろん、１口の金額を1,000円又は１万円などと仮定して算定する方が妥当であれば、それを用います）。
経過措置型医療法人の場合も、通常、定款に出資口数の定めがありませんが、出資金を評価する場合には1口50円換算で評価計算をするようなことが行われています。
なお、（2）の場合は（1）と違って相続税のみ考えればよいです。
医療法人に対する出資持分の払戻請求権の金額が法定申告期限までに確定しなかったこと等が原因である旨の納税者の主張が認められなかった令和2年9月4日裁決（熊裁（所）令2第1号）
（1）事案の概要
本件は、審査請求人Ｘ（被相続人の兄）が、被相続人に係る所得税等の期限後申告書を提出したため、原処分庁が、所得税等に係る無申告加算税の賦課決定処分をしたことに対し、Ｘが、期限内申告書を提出できなかったのは、被相続人の医療法人に対する出資持分の払戻請求権の金額が法定申告期限までに確定しなかったこと等が原因であり、正当な理由があるとして、原処分の全部の取消しを求めた事案である。
（2）争点
期限内申告書の提出がなかったことについて、通則法第６６条第１項ただし書に規定する「正当な理由があると認められる場合」に該当するか否か。
（3）裁決要旨
① Ｘは、一般的に医療法人の出資持分払戻請求権の額を評価するには４か月で額を確定できるほど容易なものではないこと等の理由から、出資持分の額の払戻しを受けてから又は出資持分の額が定まってから４か月以内に準確定申告がされた場合は、「正当な理由があると認められる場合」に該当すると解すべきである旨主張する。しかしながら、Ｘの主張する事情は、Ｘの主観に基づく事情であるといわざるを得ず、当該事情は、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情とは認められないから、「正当な理由があると認められる場合」に該当しない。
② 国税通則法（以下「通則法」という。）及び所得税法には、判明した事実からすれば申告義務が生じる場合に所得金額等の全容が判明しないことを理由として、申告書の提出自体を免除し又は猶予する旨を定めた規定は見当たらず、法定申告期限内に判明したところに基づいて申告した場合において、その後に所得金額等の全容が判明したときは、通則法第１９条《修正申告》１項又は同法第２３条《更正の請求》１項をすることができるものとする規定が設けられている。これらのことからすれば、Ｘの主張する事情は、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情とは認められない。
③ Ｘは、本件出資持分の払戻額を〇〇とみて準確定申告をすれば、少なくとも〇〇の納税を医療法人からの配当の支払を受けないまま負担することとなり、一個人で負担することは不可能である旨主張する。しかしながら、申告は納税者の判断と責任において行うものである上、Ｘの主張する事情であるＸが現実に納税資金を有しているか否かはあくまでもＸの主観的な事情にすぎず、納税資金がないことは通則法46条《納税の猶予の要件等》等の規定により徴収上考慮されることがあるとしても、このことをもって申告書の提出義務が左右されるものではない。
