社団法人・財団法人の法人税、源泉所得税の取扱い

概要

　公益法人制度改革により、民間非営利部門の活動の健全な発展を促進し、従来の公益法人制度に見られる様々な問題に対応するため、従来の主務官庁による公益法人の設立許可制度を改め、一般社団法人・財団法人を登記のみで簡便に設立できる制度が平成20年12月1日から施行されました。

　一方で、一般社団・財団法人のうち、法定の基準（認定法５）を充足するものとして認定を受けた公益法人については、設立後も、認定法所定の監督を行うことにより（認定法１章２節、２９②一、二等）、高い公益性を保持させることとされ、公益社団法人・財団法人（法法２六）となります。

　また、一般社団法人・財団法人（公益社団法人・財団法人を除く。）のうち、次に掲げるものを一般社団法人・財団法人（非営利型法人）といいます（法法２九の二、法令3）。

　なお、一般社団法人・財団法人のうち、非営利型法人でないものは、法人税法上、普通法人として取り扱われます。

3つの分類

　上記のことにより、社団法人・財団法人は、法人税法上の取扱いでは、大きく分けて以下の3つに分類されます。

　①公益社団法人・財団法人、②一般社団法人・財団法人（非営利型法人）、③一般社団法人・財団法人（普通法人）

　法人税の課税所得の範囲は、次のように取り扱われています。一般社団法人・財団法人（普通法人）は全ての所得に対して課税されますが、公益社団法人・財団法人、一般社団法人・財団法人（非営利型法人）は、収益事業から生じた所得にのみ課税されます（法法４①ただし書、５、７）。

　収益事業とは、法人税法施行令5条に列挙されている物品販売業等の34の事業（その性質上その事業に付随して行われる行為を含む。）で継続して事業場を設けて行われるものをいいます（法法２十三）。

　次に、利子等、配当等に係る源泉所得税の非課税については、次のように取り扱われています。公益社団法人・財団法人については、所得税法別表第一（公共法人等の表）に掲げられ、これらの法人が支払を受ける一定の利子等、配当等に係る源泉所得税は非課税とされます（所法 11①）。

　一方、一般社団法人・財団法人については、法人税法上、非営利型法人及び非営利型法人以外の法人（普通法人）のいずれに該当する場合であっても、この取扱いの適用はありません。

法人税の確定申告

（1）公益社団法人・財団法人、一般社団法人・財団法人（非営利型法人）で収益事業を営んでいない場合

　法人税の確定申告書の提出義務はありません。ただし、事業年度の収入金額の合計額が8,000万円超の場合には、事業年度終了の日の翌日から4か月以内に、その事業年度の損益計算書又は収支計算書を、所轄税務署長に提出しなければなりません（措法68の6、措令39の37、措規22の22）。

（2）公益社団法人・財団法人、一般社団法人・財団法人（非営利型法人）で収益事業を営んでいる場合

　収益事業に係る所得は課税対象となるので、法人税の確定申告書を提出する必要があります。確定申告書を提出する際には、貸借対照表、損益計算書等の書類を添付することになりますが、これらの書類には収益事業以外の事業に係るこれらの書類が含まれます（法法74③、法基通15－2－14）。

（3）一般社団法人・財団法人（普通法人）

　普通法人として取り扱われ、全ての所得が課税対象となりますから、法人税の確定申告書を提出する必要があります（法法74）。株式会社や合同会社と変わらない税務上の取扱いをされます。

一般社団法人・財団法人（非営利型法人）の課税上の問題点

　一般社団法人・財団法人（非営利型法人）と、公益社団法人・財団法人については、以下の異同があることになります。

　法人税法上は、どちらも公益法人等に区分（法人税法別表第二）され、収益事業にしか法人税が課されません。一方、所得税法上（所法11 ①）は、利子・配当等に対して源泉徴収されない法人（公共法人等「所得税法別表第一」）に一般社団法人・財団法人（非営利型法人）は含まれていません。

　そして、一般社団法人・財団法人（非営利型法人）で収益事業以外の事業から生ずるものに対する所得税額は、所得税額控除の対象となりません（法法68）。

　なお、一般社団法人・財団法人（非営利型法人）が収益事業を行っている場合において、収益事業に属する預貯金等から生じた利子等に対して課された所得税の額があるときには、その所得税の額は、法人税の申告に際して、法人税の額から控除・還付することはできます（法法68）。

　しかしながら、一般的に、一般社団法人・財団法人（非営利型法人）は利子・配当等について収益事業としていないため、源泉徴収されたが控除・還付されないという現状です（法法68②）。

　収益事業から生じた所得を預金、有価証券等に運用する場合においても、その預金、有価証券等のうち収益事業の運営のために通常必要と認められる金額に見合うもの以外のものにつき収益事業以外の事業に属する資産（公益事業に属する資産）として区分経理をしたときは、その区分経理に係る資産を運用する行為（資産運用益）は、収益事業に付随して行われる行為（つまり、収益事業）に含めないことができます（法基通15－1－7）。

　仮に、収益事業とした場合は、法人税の課税対象となるため、法人側に利子・配当等を収益事業とするメリットはありません。

　財団法人の場合、所有する基本財産又は運用財産を運用して得られる運用益を財源として運営を行っており、利子及び配当等は多額に生じ、結果、それに対する源泉所得税も多額となる場合があります。

　東京地裁令和４年１月１４日判決（令和２年（行ウ）３７５号）において、非営利型の一般財団法人の源泉徴収された所得税の額は８３４０万円余でしたが、その金額が還付となるのかならないのかは、財団法人にとっては大きな問題でしょう。

　なお、外国税額控除にも注意が必要です（法法69⑬）。

割引債の償還時における源泉徴収

　普通法人と同様に、一般社団法人・財団法人において利付債の利子を受取った時には源泉徴収されます。

　一方、普通法人は割引債の償還時に償還差益に対する源泉徴収は行われませんが、一般社団法人・財団法人の場合には源泉徴収されます。

　この理由は、一般社団法人・財団法人（非営利型法人）が税操作をしないようにするためです。

　例えば、割引債の償還時に償還差益に対する源泉徴収が行われなければ、一般社団法人・財団法人（非営利型法人）は、利付債を購入せずに割引債の購入だけをするでしょう。

　上記で説明したように、利付債を購入し、利子を受取った時には源泉徴収されますが、収益事業としていない場合は、源泉徴収されたが控除・還付されないという現状です。

　利子と償還差益という同じような経済的利益を受けているのに、税負担が違えば、法人としては、当然、税負担が低い（ない）商品を購入します。

　よって、税操作を封じるために、普通法人は割引債の償還時に償還差益に対する源泉徴収は行われませんが、一般社団法人・財団法人の場合には源泉徴収されるというわけです。

　なお、一般社団法人・財団法人（普通法人）の場合は、株式会社や合同会社等の普通法人同様であり、源泉徴収を行わなくても、償還差益は法人税の課税対象となるので、本来的には問題ないはずです。

　しかしながら、公益社団法人・財団法人と違い、一般社団法人・財団法人（非営利型法人）と一般社団法人・財団法人（普通法人）の外形的な違いがなく、源泉徴収義務者からすると判別が難しいため、一般社団法人・財団法人（普通法人）の場合も源泉徴収されるというわけです。

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非営利型の一般財団法人で収益事業から生じた所得以外の所得で法人税が課されないものである場合、利子及び配当等について徴収された所得税の額は法人税の額から控除・還付することはできないとされた事例－東京地裁令和４年１月１４日判決（税資２７２号（順号１３６５８））・東京高裁令和４年７月２８日判決（税資２７２号（順号１３７４１））・最高裁令和４年１２月２２日第一小法廷決定（税資２７２号（順号１３７９７））（棄却・不受理）（確定）

（1）事案の概要

　本件は、非営利型法人（法人税法２条９号の２）に該当する一般財団法人である原告Ｘが、平成２９年４月１日から平成３０年３月３１日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）の法人税について、収益事業以外の事業に属する資産から生じた利子及び配当等（以下「本件利子及び配当等」という。）について源泉徴収された所得税の額に相当する８３４０万円余を含む８３９５万円余の還付（法人税の額から控除しきれなかった所得税の額の還付）を求める更正の請求をしたところ、所轄税務署長から、更正をすべき理由がない旨の通知処分（以下「本件通知処分」という。）を受けたことから、非営利型法人であるＸの利子及び配当等については非課税とされるべきであるなどとして、Ｘがその取消しを求めた事案である。

（2）本件の主な争点

（争点１）本件利子及び配当等が非課税となるか否かである。
（争点２）本件利子及び配当等に係る所得税額の還付等が認められるか否かである。

（3）一審判決要旨（却下・棄却）（控訴）

①　Ｘは、非営利型法人に該当する一般財団法人であって、公益法人ではないから、Ｘが所得税法別表第１に掲げる公共法人等として同法１１条１項の適用を受ける余地はなく、Ｘが支払を受ける預貯金利子等（以下「本件預貯金利子等」という。）については、その支払の際、所得税が源泉徴収される（同法２１２条３項）。また、Ｘは、法人税法２条６号の公益法人等に該当し（同法別表第２）、収益事業から生じた所得以外の所得については法人税が課されず（同法７条）、本件預貯金利子等に係る所得税については二重課税の問題は生じないから、同法６８条１項の規定を適用する余地はなく、Ｘの法人税の額から本件預貯金利子等に係る所得税の額を控除することはできず、また、法人税の額から控除しきれなかった所得税の額の還付を求めることもできない（同条２項）。
　以上によれば、本件事業年度の法人税額につき所得税の額を控除しなかったことに法律の解釈適用の誤りや計算過程の誤りは認められないから、本件更正の請求に理由がないとした本件通知処分は適法である。

②　Ｘは、その目的や事業の公益性・公共性という点において公益法人と同等といえるＸに対する本件通知処分は、裁量権の範囲を逸脱し、又はこれを濫用したものであって、違法であると主張する。しかしながら、上記のとおり、Ｘの法人税の額から本件預貯金利子等に係る所得税の額を控除することはできず、その点に裁量の余地はないから、Ｘの上記主張は失当である。

③　Ｘは、（イ）所得税法１１条１項、別表第１の「公共法人等」に、公益法人と同様、非営利型法人をも掲げることにより、その支払を受ける利子及び配当等につき所得税を課さない公共法人等に非営利型法人を含め、あるいは、（ロ）法人税法６８条を改正して、非営利型法人が支払を受ける利子及び配当等について源泉徴収された所得税の額を法人税の額から控除し、それでも控除しきれない部分についてはこれを還付する内容の改正をすべきであったのに、これと異なる不適切な法改正を行ったもので、このような本件立法行為は違憲、無効であり、それに基づく本件通知処分は違法である旨の主張をする。
　しかしながら、仮に、Ｘの主張するような本件立法行為の違憲、無効が認められたとしても、そのことによって、直ちに、上記（イ）又は（ロ）のような規定が創設されたことになるものとみるべき法的根拠はない。

④　源泉徴収された利子及び配当等に対する所得税については、法人税法６８条、７８条１項、７４条１項３号による場合を除いて、これを利子及び配当等の受領者である内国法人に直接還付すべきことを定める法律上の規定は存在しない。したがって、上記のようなＸの主張を前提としたとしても、本件預貯金利子等に対する所得税の額を法人税の額から控除し、それでも控除しきれない部分について還付を受けることができることになる法律上の根拠はないというべきであって、本件立法行為の違憲、無効を理由として本件通知処分が違法となる旨のＸの主張は、その前提を欠くものといわざるを得ず、失当である。

⑤　公益法人については、それ以外の一般社団・財団法人に比して、その高い公益性の保持が制度的に担保されているといえることからすれば、上記のような公益法人と非営利型法人との間の課税上の取扱いの区別は、その目的との関連で著しく不合理であることが明らかということはできない。また、非営利型法人が支払を受ける利子及び配当等について所得税を課することとする改正や、非営利型法人が支払を受ける利子及び配当等について源泉徴収された所得税の額を法人税の額から控除し、控除しきれなかった税額を還付するよう法人税法６８条を改正しなかったことが、上記目的との関係で必要性又は合理性を欠くことが明らかということもできない。したがって、本件立法行為が憲法１４条１項、２９条に違反するものということはできない。

（4）控訴審判決要旨（棄却）（上告・上告受理申立て）

　前審と同旨

（5）上控審判決要旨（棄却・不受理）（確定）

　上告を棄却する。上告審として受理しない。

東京地裁令和５年３月３０日判決（税資２７３号（順号１３８４０））・東京高裁令和５年９月２７日判決（税資２７３号（順号１３８８８））（棄却）（上告・上告受理申立て）

（1）事案の概要

　本件の事案の概要は、次のとおりである。
①　Ｘ（原告、控訴人）は、非営利型法人（法人税法２条９号の２）に該当する一般財団法人である。
②　Ｘは、平成３１年４月１日から令和２年３月３１日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）において支払を受けた利子及び配当等（以下「本件利子及び配当等」という。）についての所得税として、８９０９万円余を源泉徴収された。
③　Ｘは、令和２年７月３１日、所轄税務署長Ｋに対し、本件事業年度の法人税について、所得金額を３６４万円余、納付すべき法人税額を５４万円余とする確定申告を行い、同額を納付した。
④　Ｘは、令和２年９月１４日、Ｋに対し、本件事業年度の法人税の額から前記②のとおり源泉徴収された所得税の額を控除した後、控除しきれなかった金額として８８５４万円余を還付金額とする旨の更正の請求（以下「本件更正請求」という。）をしたが、Ｋは、同年１２月４日、更正をすべき理由がない旨の通知処分（以下「本件通知処分」という。）をした。
⑤　Ｘは、令和４年６月２７日、本件訴訟を提起した。

（2）本件の主な争点

　本件通知処分の適法性であるが、具体的には、本件利子及び配当等に係る所得税の額を法人税の額から控除、還付が認められるか否かである。

（3）一審判決要旨（却下・棄却）（控訴）

①　Ｘは非営利型法人（法人税法２条９号の２）に該当する一般財団法人であり、公益法人ではないから、所得税法別表第１に掲げる内国法人には該当しない。したがって、Ｘに同法１１条１項は適用されず、同法２１２条３項により、利子及び配当等の支払を受ける際に所得税が源泉徴収される。そして、Ｘは、非営利型法人であり公益法人等（法人税法２条６号、別表第２）に該当するから、同法６８条２項により、利子及び配当等に係る所得税の額を法人税の額から控除する旨を定める同条１項は適用されず、源泉徴収された所得税の額につき控除を受けることはできない。
 したがって、Ｋが、本件利子及び配当等に係る所得税の額を法人税の額から控除すべき旨を求める本件更正請求は理由がないものとして本件通知処分をしたことは、上記各規定に従った適法なものである。
②　Ｘは、目的や事業内容の公益性、公共性という点において公益法人と同等であるという実態に鑑みれば、Ｘが支払を受けた利子及び配当等について所得税の源泉徴収を行い、同所得税の額を法人税の額から控除しないことは、所得税法１１条及び法人税法７条の趣旨に反する旨主張する。
 しかしながら、前記①で判示したとおり、公益法人ではないＸに所得税法１１条を適用ないし準用する余地はなく、また、法人税法７条は、非営利型法人を含む公益法人等の収益事業から生じた所得以外の所得に対して法人税を課さない旨を定めるものであり、所得税法の規定によって源泉徴収の対象となる所得に対する非課税を定めるものではない。Ｘは、非営利型法人であるＸと公益法人は、公益性、公共性の程度が同等である旨を主張するが、公益法人は、設立に当たって法定の基準（公益法人認定法５条各号）に適合するものとして行政庁の公益認定を受ける必要がある上、設立後も、同法の定める事業活動等に係る規定（収支相償、５０％以上の公益目的事業比率等）の遵守が求められ（同法第２章第２節）、これらの基準又は規定の遵守を確保するため行政庁による報告の求め、検査、勧告、命令等の制度が設けられていて（同法２７条１項、２８条１項、３項）、上記基準に適合しなくなったり、上記事業活動等に係る規定を遵守しなかったりしたときは、行政庁が公益認定を取り消すことができるものとされているなど（同法２９条２項１号、２号等）、公益目的事業を適正に実施し得る法人であることが制度上担保されている。これに対し、非営利型法人は、飽くまで一般社団・財団法人の一種であり、非営利性に係る一定の要件を満たすものではあるが（法人税法２条９号の２、法人税法施行令３条１項、２項）、準則主義（登記）により主務官庁等による認定を受けることなく簡便に設立することができる上（一般社団・財団法人法１６３条）、事業活動等について公益法人のように行政庁の厳格な監督に服することもない。したがって、非営利型法人と公益法人は、公益性、公共性の程度が同等であるとはいえず、支払を受けた利子及び配当等についての所得税の源泉徴収の有無等の税法上の差異を設けることが不合理であるとはいえない。
③　Ｘは、法人税法６８条１項に基づき、本件利子及び配当等について源泉徴収された所得税の額を法人税の額から控除するべき旨主張する。しかしながら、同項は、内国法人が支払を受けた同一の利子及び配当等について、所得税法に基づく源泉徴収と法人税法に基づく課税との二重課税を防ぐ趣旨の規定であるところ、本件利子及び配当等については、法人税法７条の「収益事業から生じた所得以外の所得」として法人税が課税されていないのであるから、源泉徴収との間で二重課税の問題が生ずることはなく、同法６８条１項を適用すべき前提を欠く。
 したがって、Ｘの上記主張はいずれも採用することができない。

（4）控訴審判決要旨（棄却）（上告・上告受理申立て）

　前審と同旨