一括取得・譲渡した土地と建物のそれぞれの取得価額・売却価額が不明な場合の区分方法（所得税・法人税・消費税）

取得価額が不明な場合で所得税・法人税・消費税に共通すること

　原則として、土地及び建物を一括取得した際の売買契約書があり、土地と建物の価額が、それぞれ区分されて記載されていれば、その契約上で明らかにされたそれぞれの価額が取得価額となります。

　また、売買契約書がない場合でも、売主の帳簿などから土地及び建物の販売価額が判明する場合にはその販売価額が取得価額となります。

　ただし、競売により落札した場合や、契約書等に記載された金額が合理的でない場合は、何らかの合理的な区分計算を行う必要があります。

　一括取得された土地及び建物の取得価額の区分は、法人税法、所得税法、消費税法に共通する問題です。仮に、土地及び建物の取得価額の総額が分かっていても、土地、建物それぞれの個別の取得価額が不明ならば、土地と建物で課税上の取扱いが異なるため、法人税・所得税に係る減価償却費の額及び消費税の課税仕入れに係る支払対価の額を計算することはできません。

　土地及び建物の取得者である法人又は個人事業者は、建物の取得価額が高いほど減価償却費を多く計上でき、法人税法又は所得税法の課税上有利となるので、建物の取得価額を大きくしたいと思うでしょうが、このような不合理による区分計算は課税上、許されません。

　よって、一括して取得された土地及び建物の取得価額の総額を、土地、建物それぞれの取得価額に区分する場合には適正な価額での区分をすることが合理的となるのですが、この場合、適正な価額の算定という困難な問題があります。

　譲渡所得の場合は、国税庁のホームページで公表している「譲渡所得の申告のしかた」に掲載されている 「建物の標準的な建築価額表」を基として建物の建築価額を算定し、建物の取得価額とする方法があります（詳しくは、下記）。

　この「譲渡所得の申告のしかた」に掲載されている方法は、建物の取得価額を最初に算出し、その後、土地建物全体の取得価額から建物の取得価額を差し引いて土地の取得価額を算出する方法ですが、差引法には、他に、土地の価額を先に算出して差引により建物の価額を算出する方法があります。

　この差引法の考え方は、譲渡の場合ですが、法人が建物及び土地を同時に譲渡した場合における土地重課制度の適用に関する措置法通達62 の3（2）でも用いられていました（結果、取得側の取得価額の算定に影響もする）。

　ただし、過去の裁判例・裁決例における算定方法では、差引法より按分法の方が圧倒的に支持されています。

　按分法とは、何らかの方法により算出した土地と建物の価額比で代金総額を土地取得価額と建物取得価額に按分して、それぞれの取得価額を算出する方法ですが、代金総額を土地と建物の価額比で按分する場合、価額比の基礎となる土地及び建物の価額については、①当該物件の過去の売買において区分されていた土地及び建物の価額、②土地の仕入価額と建物の新築原価、③土地及び建物の販売価額が区分されている類似物件の売買実例価額、④鑑定評価による価額、⑤売主の帳簿などから判明する土地及び建物の販売価額、⑥土地及び建物の固定資産税評価額、⑦土地及び建物の相続税評価額等を用いることが考えられますが、過去の裁判例・裁決例においては、⑥の固定資産税評価額の価額比が用いられることが多いです。

　福岡地裁平成１３年１２月１４日判決（税資２５１号順号９０３６）では、固定資産税評価額の価額比での按分方法の合理性について、以下のように判示しています。

「売主の帳簿などから土地及び建物の販売価額が判明する場合は、その価額が不合理でない限り、代金総額を土地及び建物の販売価額比で按分して、建物取得価額を算出すべきであるが、土地及び建物の販売価額が明らかでない場合は、同一の公的機関が同一時期に合理的な評価基準で評価した固定資産税評価額による土地及び建物の価額比で代金総額を按分する方法が最も合理的であるというべきである。」

　ただし、あくまでも、契約書や売主の帳簿などから土地及び建物の販売価額が判明する場合は、その価額が不合理でない限り、その価額を用いるべきです。

　飲食店業を営む法人が、一括取得した土地建物について、不動産売買契約書に記載された金額ではなく、土地及び建物の各固定資産税評価額の価額比を基に売買総額を按分して建物価額を算出し、課税仕入れに係る支払対価の額として消費税等の申告をしたところ、課税庁が、課税仕入れに係る支払対価の額は、不動産売買契約書に記載された建物価額によるべきであるなどとして消費税等の更正処分等を行ったことにより争われた令和２年２月１７日裁決（福裁（諸）令元４号）では、売買契約書建物価額の算出方法に特段不合理な点は認められず、売買契約書建物価額は合理的に区分されたものと認められるので、 建物の課税仕入れに係る支払対価の額は、売買契約書の建物価額によるべきであると判断しています。

　なお、鑑定評価による価額比で按分する方法については、前述の福岡地裁平成１３年１２月１４日判決において、以下のように判示しています。

「算出に多大な費用を要するものであり、納税者間の公平、納税者の便宜及び徴税費用の節減の観点から合理的であるとはいえず、租税平等主義に反するというべきである。」

　東京地裁令和2年9月1日判決（平成２７年（行ウ）６９５号） においては、納税者側の申出により裁判所鑑定が行われましたが、その結果、固定資産税評価額と異なる評価がされた場合には、もはや、固定資産税評価額による価額比を用いて按分する合理性を肯定する根拠は失われ、適正な鑑定に基づく評価額による価額比を用いて按分するのが合理的となると判示されました。

　一方、納税者側が依頼した不動産鑑定士による鑑定評価額は、適正な鑑定に基づくものといえず、按分計算に用いることはできないとされました。

　つまり、鑑定評価による価額比で按分する方法が採用されたとしても、当然、その鑑定評価額が適正であることが前提条件となります。

売却価額が不明な場合

　ベース的な考え方は、取得価額が不明の場合と一緒で、一般的には、固定資産税評価額の価額比での按分方法が、他の方法に比べて比較的合理性があるということになります。

　ただし、東京地裁令和4年6月7日判決は、譲渡対価の額が合理的に区分されていない一括譲渡された土地、建物について消費税の課税標準の計算上の按分価額が争われ、国（課税庁側）は固定資産税評価額の価額比での按分方法を主張しましたが、上述した東京地裁令和2年9月1日判決と同様に、裁判所鑑定が行われ、その結果、適正な鑑定に基づく評価額による価額比を用いて按分するのが合理的となると判示されました。

　つまり、ベース的な考え方は、売却価額が不明な場合も、取得価額が不明な場合も大きな違いはないと思われます。

所得税

　土地と家屋（建物）を購入（取得）し、その後、売却することがあるでしょう。この場合、売却金額から土地と建物の取得価額を差し引き、所得（利益）を算定します。もっとも、建物については減価償却費等の計算が別途、必要ですが。

　取得した際の売買契約書があり、土地と建物の価額が、それぞれ区分されて記載されていれば、原則として、その契約上で明らかにされたそれぞれの価額が取得価額となります。

　ただし、記載されている価額が契約時の時価として概ね適正なものである場合に限ります。売買当事者の力関係で、まれに、契約時の時価とかけ離れた金額が売買契約書に記載されている場合がありますが、その場合は、契約書上の記載金額を取得金額とすることはできないと考えられます。

　なお、売買契約書があっても土地と建物の売買価額を区分して明らかにしたものでない場合は、土地と建物それぞれの取得価額がわからないということになり、正しい譲渡損益が計算できないということになってしまいます。

　このような土地と建物を一括取得し、取得価額の総額がわかるが、土地と建物それぞれの取得価額がわからない場合の各資産の取得価額の算定方法としては、次のような方法が一般的に使われています。

（1）取得時に課された消費税額で建物の取得価額を割り戻す方法
（2）購入時の土地と建物の時価の比により按分する方法
（3）「建物の標準的な建築価額表」を基に、建物の取得価額を算定する方法

租税特別措置法通達（山林・譲渡）36の2－9（買換資産を一括取得した場合の取得価額の区分）

　買換資産に該当する家屋と土地等を一の契約により取得した場合における当該家屋及び土地等のそれぞれの措置法第36条の2第1項に規定する取得価額については、次によるものとする。

(1)　当該家屋及び土地等の価額が当事者間の契約において区分されており、かつ、その区分された価額が当該家屋及び土地等の当該取得の時の価額としておおむね適正なものであるときは、当該契約により明らかにされている価額による。
(2)　当該家屋及び土地等の価額が当事者間の契約において区分されていない場合であっても、例えば、当該家屋及び土地等が建設業者から取得したものであってその建設業者の帳簿書類に当該家屋及び土地等のそれぞれの価額が区分して記載されている等当該家屋及び土地等のそれぞれの価額がその取得先等において確認され、かつ、その区分された価額が当該家屋及び土地等の当該取得の時の価額としておおむね適正なものであるときは、当該確認された価額によることができる。
(3)　(1)及び(2)により難いときは、当該一括して取得した家屋及び土地等の当該取得の時における価額の比によりあん分して計算した金額を、それぞれ当該家屋及び土地等の取得価額とする。

※租税特別措置法通達（山林・譲渡）35の2－9(土地等と建物等を一括取得した場合の土地等の取得価額の区分)も同旨

（1）取得時に課された消費税額で建物の取得価額を割り戻す方法

　業者から土地建物を購入した場合、土地は消費税が課税されておらず、建物については消費税が課税された金額となっています。

　よって、支払った消費税額から逆算して建物の取得価額が求めることができます。

（算式）支払った消費税額×（１＋消費税の税率）÷消費税の税率＝建物の取得価額

　例えば、平成11年に土地建物を9150万円で購入し、内150万円が消費税だったとします。その場合、150万円×（１＋5％）÷5％＝3150万円が建物の取得価額となります。

　そして、土地建物の購入金額全額である9150万円から建物の取得価額3150万円を差し引いた残りの金額6000万円が土地の取得価額となります。

　なお、消費税の税率は以下のようになっています。

　つまり、消費税が導入された平成元年4月1日以降に取得された土地建物であれば、建物部分についての消費税額から、建物の取得価額を計算することができますが、消費税が導入される前に取得した土地建物では、消費税額からの逆算はできないということになります。

（2）購入時の土地と建物の時価の比により按分する方法

　固定資産税評価額等を基に按分計算します。

（3）「建物の標準的な建築価額表」を基に、建物の取得価額を算定する方法

　国税庁のホームページで公表している「譲渡所得の申告のしかた」に掲載されている 「建物の標準的な建築価額表」を基として建物の建築価額を算定し、建物の取得価額とする方法です。「建物の標準的な建築価額表」は「建築着工統計（国土交通省）」を基にしています。

　例えば、建物が木造住宅であり、建築年月日が昭和59年8月7日で、その建物の床面積（延べ床面積）が200.00 ㎡の場合の建物の取得価額は次のように計算します。

　102,800 円／㎡（構造が木造で建築年が昭和59年の場合）×200.00 ㎡＝20,560,000円が建物の取得価額となります。

　また、土地建物全体の取得価額が50,000,000円の場合、建物の取得価額20,560,000円を差し引いた価額29,440,000円が土地の取得価額となります。

　ただし、土地と建物の取得費の総額からこの数値を使用して算定した建物の取得価額を控除した後の土地の取得費が、土地の価額の上昇指数等から算出した価額と著しい開差があるときは、再検討を要することになります。

　また、この考え方は、所得税における譲渡所得の計算を行う場合のみに使用できると考えておいた方が安全といえます。つまり、法人の所得計算においては採用すべきではないと思います。

建物の標準的な建築価額表（単位：千円／㎡）

　建築年月日や建物の構造は、建物の登記事項証明書で確認できます。

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• 譲渡した不動産（土地、建物）の取得価額が不明である場合（概算取得費、更正の請求）

法人税

　土地と建物を一括取得・譲渡した場合で、土地と建物代金が区分されていないときは、下記の方法などにより土地と建物部分に合理的に区分する必要があります。

（1） 取得・譲渡時における土地及び建物のそれぞれの時価（不動産鑑定⼠による鑑定評価額等）の比率による按分
（2） 固定資産税評価額を基にした按分

消費税

　土地と建物を一括譲渡した場合で、土地と建物代金が区分されていないときは、下記の方法などにより土地と建物部分に合理的に区分する必要があります。

（1） 譲渡時における土地及び建物のそれぞれの時価の比率による按分
（2） 固定資産税評価額等を基にした按分
（3） 土地、建物の原価(取得費、造成費、一般管理費・販売費、支払利子等を含みます。)を基にした按分

 なお、それぞれの対価につき、所得税又は法人税の土地の譲渡等に係る課税の特例の計算における取扱いにより区分しているときはその区分した金額によることになります(消令45③、消基通10-1-5)。

消費税法基本通達10－1－5（建物と土地等とを同一の者に対し同時に譲渡した場合の取扱い）

　事業者が令第45条第3項《一括譲渡した場合の課税標準の計算の方法》に規定する課税資産の譲渡等に係る資産（以下「課税資産」という。）と同項に規定する課税資産の譲渡等以外の資産の譲渡等に係る資産（以下「非課税資産」という。）とを同一の者に対し同時に譲渡した場合には、それぞれの資産の譲渡の対価について合理的に区分しなければならないのであるが、建物、土地等を同一の者に対し同時に譲渡した場合において、それぞれの対価につき、所得税又は法人税の土地の譲渡等に係る課税の特例の計算における取扱いにより区分しているときは、その区分したところによる。

(注)　合理的に区分されていない場合には、同項の規定により、それぞれの譲渡に係る通常の取引価額を基礎として区分することに留意する。

平成12年12月28日裁決（裁事60集157頁）（所得税法関係）

土地・建物（中古マンション）を一括購入した場合の建物本体の取得価額の算定方法

　中古マンションについては、土地と建物の価額の区分について、その売主等においても把握できず、また、類似譲渡事例等もないところ、相続税評価額や固定資産税評価額等を基に合理的と認められる価額を見積もる必要があるが、固定資産税評価額は同一の機関で土地及び建物の評価を行うものであることなどから、本件においては、土地と建物の固定資産税評価額の比を一括購入価額に乗じて建物の価額を算出し、建物本体と建物附属設備のそれぞれの取得価額については、建築時の工事費の割合が把握できることから、その工事費の割合を基に計算することが相当と認められる。

競売により一括取得した土地、建物等の各取得価額は、落札金額を裁判所鑑定の評価額による価額比を用いて按分して算定することが合理的であるとされた事例－東京地裁令和2年9月1日判決（税資270号－84（順号13444））（一部取消し・棄却）（控訴）（法人税法及び消費税法関係）

事件の概要

　本件の事案の概要は、次のとおりである。

①　飲食店の経営等を目的とする株式会社である原告Ｘは、競売により一括取得した土地及び建物等（本件不動産）について、その落札金額（本件落札金額）を、土地については路線価を、建物等については類似物件を参考とした再調達価格に基づき算出して、これらの価格比で按分する方法により各資産の取得価額を算定し、当該取得価額を基に減価償却費の損金算入限度額及び課税仕入れに係る支払対価の額を計算して、法人税及び消費税等の各確定申告を行った。

②　課税庁Ｙは、Ｘに対する税務調査を行い、本件落札金額を固定資産税評価額の価額比で按分して本件不動産を構成する各資産の取得価額を算定し、減価償却費の損金算入限度額及び課税仕入れに係る支払対価の額を再計算して、法人税及び消費税等の各更正処分等を行った。

③　Ｘは、上記①の各確定申告を行う際に用いた本件落札金額の按分の方法に誤りはないとするほか、審査請求の際に提出した不動産鑑定士Ａによる鑑定評価書の評価額の価額比を用いて按分する方法が合理的であるなどとして、上記②の各処分の取消しを求めて提訴した。

④　本訴において、Ｘの鑑定の申出により、裁判所が指定した不動産鑑定士Ｂによる不動産鑑定（本件裁判所鑑定）が行われた。

本件の争点

 本件不動産を構成する各資産の取得価額を算定するための合理的な方法は何か（他に、前所有者から引き継いだ敷金債務相当額を取得価額に加算できるのか否かの争いもあるが省略）。

判決要旨（一部取消し・棄却）（控訴）

①　国は、固定資産評価基準に従って評価された価格は特段の事情がない限り適正な時価であると推認されるため、本件不動産を構成する各資産に係る固定資産税評価額の価額比を用いて本件落札金額を按分することが合理的である旨を主張する。しかしながら、固定資産評価基準の定める評価方法が、適正な時価を算定する方法として一般的な合理性を有するものであるとしても、この評価方法に従って決定された価格は、特段の事情のない限り当該資産の客観的な交換価値としての適正な時価を上回るものではないことが推認されるにとどまるものというべきである〔最高裁平成２４年（行ヒ）第７９号同２５年７月１２日第二小法廷判決・民集６７巻６号１２５５頁参照〕。

②　本件のように、法人税に係る減価償却費の額及び消費税の課税仕入れに係る支払対価の額を計算するために、一括して取得された土地及び建物等の取得価額を按分する方法として、当該資産の客観的な交換価値を上回らない価額と推認される固定資産税評価額による価額比を用いることは、一般的には、その合理性を肯定し得ないものではないが、当該資産の個別事情を考慮した適正な鑑定が行われ、その結果、固定資産税評価額と異なる評価がされた場合には、もはや、固定資産税評価額による価額比を用いて按分する合理性を肯定する根拠は失われ、適正な鑑定に基づく評価額による価額比を用いて按分するのが合理的となるというべきである。

③　本件裁判所鑑定は、本件の訴訟手続において、不動産鑑定士Ｂが公正かつ中立な立場から実施したものであり、その鑑定の手法について不適切ないし不合理な点は見当たらず、その評価は、本件不動産の類型や地域性等（我が国でも有数の商業地域である六本木地区に所在する賃貸物件であること等）を踏まえた、不動産鑑定士としての専門的知見に基づく適正なものである。

④　したがって、本件裁判所鑑定の評価額は適正な鑑定に基づくものといえるから、本件不動産を構成する各資産の価額は、固定資産税評価額によらずに、本件裁判所鑑定の評価額によることが相当である。なお、Ｘの主張する不動産鑑定士Ａによる鑑定評価書の評価額は、適正な鑑定に基づくものといえず、本件落札金額の按分に用いることはできない。

なお、本件は、Ｘにより控訴されている。