自宅兼事務所が、住宅ローン控除の対象となる床面積基準に適合するかどうかは、事務所部分(居住の用以外の用に供される部分)の床面積を含めたその家屋全体の床面積により判定することとされています(措通41ー12(1))。
 なお、自宅兼事務所については、その家屋の床面積の2分の1以上の部分が専ら自己の居住の用に供されていることが住宅借入金等特別控除の適用要件となっています(措令26①)。
 ただし、住宅ローン控除の計算の対象となる家屋の床面積は、上記の床面積基準の判定の際の家屋全体の床面積ではなく、実際に居住の用に供される部分の床面積の部分に限られています(措令26⑤)。したがって、家屋の事務所部分及びその敷地の用に供される土地の面積は、住宅ローン控除の計算の対象から除外されることとなります。
 ただし、その者の専ら居住の用に供される部分の床面積又はその敷地の用に供される土地の面積がその家屋の床面積又はその敷地の用に供される土地の面積のおおむね90パーセント以上に相当する面積であるときはその家屋の床面積又はその敷地の用に供される土地の面積の全部がその者の居住の用に供する部分の床面積又はその敷地の用に供される土地の面積に該当するものとして住宅ローン控除の適用ができるものとされています(措通41-29)。