個人間で行う合同会社の持分の譲渡が時価相当額でない、つまり、低額譲渡、高額譲渡である場合は大きな課税問題が原則として生じます。なお、この場合における持分の時価は、原則として、買い取る個人側にとっての相続税評価額となります。
　例えば、低額譲渡の場合、既存社員が不利益を被り、新社員が利益を享受するということになり、新社員に対して贈与税が課税される場合があります。旧社員に対しては、譲渡価額と取得価額の差額について、所得税が生じます（低額譲渡なので0の場合あり）。以下で詳しく解説します。

（1）売買価額＝時価

  • （売却した個人）持分の売却損益（譲渡所得等）となり、「売却収入―取得価額―売却費用」により計算します。売却益は、税率20.315%（所得税等・住民税）による申告分離課税の対象ですが、上場株式等の売却損益とは相殺できません。なお、未上場株式の売却損益とは相殺できますが、相殺後に残った売却損を翌年以後に繰越すことはできません。
  • （買い取る個人）課税はありません。

（2）売買価額＜時価（低額譲渡）

  • （売却した個人）持分の売却損益（譲渡所得等）となり、「売却収入―取得価額―売却費用」により計算します。なお、取得価額よりも低い金額で売却した場合（赤字となる場合）は、原則的に税金はかかりませんが、著しく低い価額で売った（適正時価の1/2未満）場合、赤字（譲渡損失）もないものとされます（所法５９）。
  • （買い取る個人）一方、著しく低い価額の対価で財産の譲渡を受けた「買い手」には、時価と売買価額の差額に対して贈与税がかかります（相法７）。

（3）売買価額＞時価（高額譲渡）

  • （売却した個人）利害関係のない第三者に対する売却であれば、交渉で決まった金額ですので、通常の持分の売却損益（譲渡所得等）となり、「売却収入―取得価額―売却費用」により計算します。ただし、利害関係のある同族関係者等に対する売却であれば、恣意性が問われますので、適正時価までの金額が「持分の譲渡所得」となり、それを超える意部分については贈与税がかかる可能性があります。
  • （買い取る個人）課税はありません。

まとめ

売却した個人買い取る個人
（1）売買価額＝時価譲渡所得（所得税等・住民税）課税なし
（2）売買価額＜時価譲渡所得贈与税課税の問題あり
（3）売買価額＞時価譲渡所得の他、贈与税課税の問題あり課税なし

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