所得税
通勤手当で非課税とされるのは、「給与所得を有する者で通勤するもの（以下「通勤者」という。）がその通勤に必要な交通機関の利用又は交通用具の使用のために支出する費用に充てるものとして通常の給与に加算して受ける通勤手当のうち、一般の通勤者につき通常必要であると認められる部分として政令で定めるもの」と規定されています（所法9①五）。
つまり、通勤者別の通勤事情に応じて算定された非課税金額（所令20の2）を通勤手当として別記し、通常の給与に加算しているのであれば、非課税となります。
したがって、下記のような場合は、非課税となりません。
〇 通常の給与と通勤手当が区分されていない場合には、通勤手当に相当する部分が通常の給与に含まれているとしても、その給与の全額が給与として課税されることになります。
〇 通常の給与に通勤手当が加算されていない場合には、実際の通勤費が算出できたとしても、当該金額は非課税となりません。
〇 仮に、会社からの証明書等で給与のうちから通勤費を支出していることが明確になったとしても、通常の給与と通勤手当が区分されていない場合には、その通勤費相当額を非課税所得として取り扱うことはできません。例えば、自宅から勤務先までの実際に通勤に要する費用に相当する金額を、非課税として当該通勤費相当額を給与収入から控除して給与所得を計算するようなことはできません。
国税庁ＨＰ質疑応答事例「通勤手当と住宅手当を合算して支給する場合の取扱い」
【照会要旨】
A社では、通勤に係る支出と住宅に係る支出との負担関係がおおむね反比例になることから、通勤手当と住宅手当を合算して住宅通勤手当として定額支給することを検討しています。
この場合、通勤費実費相当額(最高150,000円)については、非課税の通勤手当として認められますか。
【回答要旨】
給与明細書等において、通勤費の実費部分の額が通常の給与に加算して支給される通勤手当として区分識別できるのであれば、所得税法第9条第1項第5号《非課税所得》に規定する非課税の通勤手当として認められます。
照会の場合は、通勤費と住宅費が代替関係あるいは補完関係にあることに着目して無秩序な通勤手当の支出の増大に歯止めをかける趣旨で、いわば通勤手当と住宅手当との合計額の上限を定額としようとするものと思われます。この場合、定額の範囲内で支給される通勤費の実費が、最も経済的かつ合理的と認められる通常の通勤経路及び方法による運賃等の額であり、かつ、その部分の金額が区分識別し得るものであれば、通常の給与に加算して受ける通勤手当に該当するものとして認めて差し支えないものと考えられます。
なお、その手当の支給に当たって、通勤費の実費部分について通勤手当として加算した旨を明確に表示する必要があります。したがって、例えば、「住宅通勤手当45,000円(うち通勤手当28,000円)」などといった表示が必要となります。
【関係法令通達】
所得税法第9条第1項第5号、所得税法施行令第20条の2
消費税
事業者が使用人等に支給する通勤手当（通勤定期等の現物による支給を含む。）のうち通勤のために通常必要とする範囲内のものは、所得税法上非課税とされる金額を超えている場合であっても、その全額が課税仕入れに該当するものとして取り扱います（国税庁ＨＰ質疑応答事例「通勤手当、住居手当」、消基通11－6－5）。
