所得税
通勤手当で非課税とされるのは、「給与所得を有する者で通勤するもの（以下「通勤者」という。）がその通勤に必要な交通機関の利用又は交通用具の使用のために支出する費用に充てるものとして通常の給与に加算して受ける通勤手当のうち、一般の通勤者につき通常必要であると認められる部分として政令で定めるもの」と規定されています（所法9①五）。
つまり、通勤者別の通勤事情に応じて算定された非課税金額（所令20の2）を通勤手当として別記し、通常の給与に加算しているのであれば、非課税となります。
したがって、下記のような場合は、非課税となりません。通勤手当が支給されない給与所得者（非正社員、派遣社員に多い）は、給与収入から実際の通勤費を控除するような確定申告は認められないので、注意をしてください。
〇 通常の給与と通勤手当が区分されていない場合には、通勤手当に相当する部分が通常の給与に含まれているとしても、その給与の全額が給与として課税されることになります。
〇 通常の給与に通勤手当が加算されていない場合には、実際の通勤費が算出できたとしても、当該金額は非課税となりません。
〇 仮に、会社からの証明書等で給与のうちから通勤費を支出していることが明確になったとしても、通常の給与と通勤手当が区分されていない場合には、その通勤費相当額を非課税所得として取り扱うことはできません。例えば、自宅から勤務先までの実際に通勤に要する費用に相当する金額を、非課税として当該通勤費相当額を給与収入から控除して給与所得を計算するようなことはできません。
国税庁ＨＰ質疑応答事例「通勤手当と住宅手当を合算して支給する場合の取扱い」
【照会要旨】
A社では、通勤に係る支出と住宅に係る支出との負担関係がおおむね反比例になることから、通勤手当と住宅手当を合算して住宅通勤手当として定額支給することを検討しています。
この場合、通勤費実費相当額(最高150,000円)については、非課税の通勤手当として認められますか。
【回答要旨】
給与明細書等において、通勤費の実費部分の額が通常の給与に加算して支給される通勤手当として区分識別できるのであれば、所得税法第9条第1項第5号《非課税所得》に規定する非課税の通勤手当として認められます。
照会の場合は、通勤費と住宅費が代替関係あるいは補完関係にあることに着目して無秩序な通勤手当の支出の増大に歯止めをかける趣旨で、いわば通勤手当と住宅手当との合計額の上限を定額としようとするものと思われます。この場合、定額の範囲内で支給される通勤費の実費が、最も経済的かつ合理的と認められる通常の通勤経路及び方法による運賃等の額であり、かつ、その部分の金額が区分識別し得るものであれば、通常の給与に加算して受ける通勤手当に該当するものとして認めて差し支えないものと考えられます。
なお、その手当の支給に当たって、通勤費の実費部分について通勤手当として加算した旨を明確に表示する必要があります。したがって、例えば、「住宅通勤手当45,000円(うち通勤手当28,000円)」などといった表示が必要となります。
【関係法令通達】
所得税法第9条第1項第5号、所得税法施行令第20条の2
消費税
事業者が従業員等に支給する通勤手当（通勤定期等の現物による支給を含む。）のうち通勤のために通常必要とする範囲内のものは、所得税法上非課税とされる金額を超えている場合であっても、その全額が課税仕入れに該当するものとして取り扱います（国税庁ＨＰ質疑応答事例「通勤手当、住居手当」、消基通11－6－5）。
「通勤手当」であるため、給与と明確に区分されていることとなります。
消費税法基本通達11－6－5（通常必要であると認められる通勤手当）
規則第15条の４第３号《請求書等の交付を受けることが困難な課税仕入れ》に規定する「通勤者につき通常必要であると認められる部分」とは、事業者が通勤者に支給する通勤手当が、当該通勤者がその通勤に必要な交通機関の利用又は交通用具の使用のために支出する費用に充てるものとした場合に、その通勤に通常必要であると認められるものをいう。
したがって、所法令第20条の２各号《非課税とされる通勤手当》に定める金額を超えているかどうかにかかわらないことに留意する。
国税庁ＨＰ質疑応答事例「通勤手当、住居手当」
【照会要旨】
従業員に対する通勤手当、住居手当等は課税仕入れに該当するのでしょうか。
【回答要旨】
1 事業者が使用人等に支給する通勤手当（通勤定期等の現物による支給を含む。）のうち通勤のために通常必要とする範囲内のものは、所得税法上非課税とされる金額を超えている場合であっても、その全額が課税仕入れに該当するものとして取り扱います（基通11－6－5）。
2 住居手当については、事業者の事業遂行上直接必要なものとはいえず、その所得の種類も給与等に該当することから、課税仕入れには該当しません。
【関係法令通達】
消費税法第2条第1項第12号、消費税法基本通達11-6-5
源泉徴収票に記載された給与等の金額から通勤に係る実費相当額を控除した金額を給与等の収入金額とすることはできないとされた事例－岡山地裁平成２２年９月１４日判決（税資２６０号－１５３（順号１１５０９））、広島高裁岡山支部平成２３年３月３１日判決（税資２６１号－７０（順号１１６６０））（棄却）（確定）
（1）事案の概要
本件の事案の概要は、次のとおりである。
① Ｘ（原告、控訴人）は、平成１７年１月１日から同年３月３１日までの間、株式会社Ａに、同年４月１２日から平成１９年１２月３１日までの間、Ｂに、それぞれ非正社員・職員として勤務していた。
② Ｘは、平成１７年分から平成１９年分の源泉徴収票に記載された支払金額合計から通勤に係る実費相当額を控除した金額を給与等の収入金額として確定申告書を作成し、法定申告期間内に提出した。
③ 所轄税務署職員は、Ｘの平成１７年分ないし平成１９年分の所得税の確定申告書を確認し、Ｘに対し、給与所得の計算上、給与等の収入金額から通勤に係る実費相当額を控除することはできないため、修正申告が必要であることを説明した上で、平成１７年分ないし平成１９年分の所得税の修正申告のしょうようを行ったが、Ｘはこれに応じなかった。
所轄税務署長は平成１７年ないし平成１９年の更正処分（以下「本件各更正処分」という。）を行った
④ Ｘは、（イ）通勤に係る実費相当額等の必要経費を収入金額から控除できないのは、所得税の本来の目的を逸脱したものである、（ロ）正社員が通勤費として給与とは別途支給されるものには課税されず、非正社員が賃金に含めて支給されるものには課税されるというのは、不平等であり、違憲である等として、本件各更正処分の取消しを求めた。
（2）本件の主な争点
本件各更正処分が適法か否かである。
（3）一審判決要旨（棄却）（控訴）
① Ｘは、通勤に係る実費相当額を収入金額から控除できないのは、所得税の本来の目的を逸脱したものであり違法である旨主張する。
しかしながら、給与所得については、個々の実額計算による必要経費ではなく、給与の収入金額に応じた法定の給与所得控除額を控除することによって所得の金額を算出することとされており（所得税法２８条２項）、通勤に係る実費相当額も含めた必要経費の概算控除はされているのであって、所得税を算出する上で必要経費が考慮されないというわけではない。
所得税法２８条２項に従い、概算控除がされている以上、別途通勤に係る実費相当額が収入金額から控除されないのは相当であり、本件各更正処分が所得税の本来の目的を逸脱したものであるということはできない。
② Ｘは、正社員については、所得税法９条１項５号により通勤費が非課税項目とされており、法的に優遇されている一方、非正社員の通勤に係る交通費については、非課税とされておらず、同じ通勤に係る費用でありながら、正社員が通勤費として給与とは別途支給されるものには課税されず、非正社員が賃金に含めて支給されるものには課税されるというのは、不平等であり、違憲である旨主張する。
しかしながら、所得税法９条１項５号は、通勤手当等を通常の給与に加算して支給される場合に適用される規定であり、個々の勤務先が通常の給与とは別途に通勤に係る費用を支給するか否かによって、適用されるか否かが左右されるのであって、正社員のみならず非正社員にも適用されうる規定であり、正社員と非正社員とを区別する規定ではない。
したがって、所得税法９条１項５号が正社員と非正社員を不平等に扱っている規定であるとは到底いうことができず、本件各更正処分も、Ｘを非正社員という理由で差別するものではない。
③ 以上のとおり、本件各更正処分は所得税の本来の目的を逸脱したものではなく、その他に違法事由も認められない。
本件各更正処分に取消事由は存しない。
（4）控訴審判決要旨（棄却）（確定）
① 一審判決を引用し、本件各更正処分に取消事由は存しないと判断した。
その上で、要旨以下のとおり判示した。
② Ｘが、概算控除（給与所得控除）を利用することなく、控除額を全て実額控除によって計算して申告していたのであれば、Ｘが主張する通勤に要する実費相当額を控除額に含めることが認められてもしかるべきであろう。しかし、その場合には、Ｘに関する給与所得の概算控除額とＸが確定申告に際して控除した交通費実額とを対比すると前者の方が遙かに大きく、その他の実額控除すべきものとして証明できるものが多少あるとしても、概算控除を利用するよりも控除額が少額になってしまい、その結果所得金額が高額になり納税額が増加する可能性も大きいものと考えられる。
Ｘは、概算控除を利用して申告しているのであるから、重ねて通勤に要する実費相当額を控除することを許すならば、二重の控除を認めることになりかねない。
③ Ｘが、仮に、勤務先が通常の給与とは別に通勤にかかる費用を支給するか否かで扱いを異にすることが不平等であると主張していると解するとしても、最高裁昭和６０年３月２７日大法廷判決は、「租税法の分野における所得の性質の違い等を理由とする取扱いの区別は、その立法目的が正当なものであり、かつ当該立法において具体的に採用された区別の態様が右目的との関連で著しく不合理であることが明らかでない限り、憲法１４条１項に違反するものではない」と判示している。
