確定申告書の二表で、給与・公的年金等に係る所得以外の所得に係る住民税の徴収方法の選択をするところがありますので、「自分で納付」を選択すれば、住民税が給与から差し引かれることがありません。ですから、給与以外(事業所得、雑所得等)に該当する副業であれば、その分の住民税を「自分で納付」すれば、住民税で会社に副業がばれることはまずないです。