修正申告書が提出された場合に、その提出が、その申告に係る国税の調査があったことにより、その国税について更正があるべきことを予知してされたものでないとき、すなわち、納税者の自発的意思によってされた修正申告書の提出であるときは、調査通知以後に更正を予知しないでした修正申告の場合を除き、その納付すべき税額に過少申告加算税(加重分を含む。)は課されません(通則法65⑤)。
 過少申告加算税については、納税者に隠蔽又は仮装の事実があっても、調査による更正を予知しないで自発的に修正申告書の提出をした場合には、過少申告加算税が課されない、又は軽減されますが、この場合には重加算税も課されません(通則法68①括弧書)。