(誤った取扱い)
 源泉徴収選択口座内の所得を申告して、還付を受けたが、社会保険料の負担額が増えたので源泉徴収選択口座の所得を除外して修正申告書を提出した。

(正しい取扱い)
 源泉徴収選択口座において生じた所得又は損失の金額を申告した後、その後の更正の請求や修正申告書を提出する場合において、株式等に係る譲渡所得等の金額の計算上、その口座における所得又は損失の金額を除外することはできない(措通37の11の5-4)。

※所得税の確定申告書が提出されている場合であっても、個人住民税の納税通知書が送達される時までに住民税申告書を提出した場合は、上場株式等の配当等については、所得税と異なる課税方式(申告不要制度、申告分離課税、総合課税)を選択することができ(地方税法32⑬、313⑬、地方税法附則33の2②⑥)、株式等譲渡所得についても、同様に所得税と異なる課税方式(申告不要制度、申告分離課税)を選択することができる(地方税法32⑮、313⑮)。

大阪国税局資産課税課、資産課税関係誤りやすい事例(株式等譲渡所得関係 令和2年分用)より