上場株式等の配当所得や上場株式等の譲渡所得等(源泉徴収がある特定口座)に係る課税方式(申告不要制度・申告分離課税・総合課税)については、所得税と住民税で異なる課税方式を選択できます。
 一番利用されているケースは、所得があまり高くない方が、上場株式等の配当所得を総合課税で確定申告(所得税)し、住民税では申告不要を選択するということです。住民税で総合課税で申告となると、申告不要の場合に比べて住民税が必ず増えてしまいます。また、国民健康保険料等もあがります。ですから、所得税では総合課税、住民税では申告不要というスタイルを取るケースが多いのです。
 手続きの方法は、住民税の納税通知書(特別徴収税額決定通知書を含む)が送達される時までに、確定申告書とは別に住民税申告書の提出が必要です。この提出がない場合は、所得税の確定申告書の申告内容(課税方式)が適用されます。
 なお、令和3年度税制改正により、令和3年分以後の確定申告書を令和4年1月1日以後に提出する場合については、住民税において、配当等及び株式等譲渡所得金額に係る所得の全部について源泉分離課税(申告不要)とする場合に、原則として、確定申告書の提出のみで申告手続が完結できるよう、確定申告書における住民税に係る附記事項が追加される予定です。